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mmu_ciUbr3_1497
Basic information of circular RNA
PanCircBase ID:
mmu_ciUbr3_1497
mm39_Chr. Position ID:
chr2|69808151|69809648|+
Gene name:
Ubr3
Transcript:
ENSMUST00000055758.16
CircRNA type:
Circular intronic (ci)RNA
Exon/Intron count:
1
Exon/intron indexes:
24
Exon/intron offsets:
0
Genomic length:
1497
Exon/intron sizes in nt:
1497
Flanking exon/introns:
chr2:69808151-69809662
Splice length:
1497
Other database IDs:
Human Ortholog IDs:
Mature spliced Sequence:
GTAAGTCAAAAATTTTAGTTTGAAACTCTTAACAATTAGTTATTATTTATGGTGATAATTTAATCTGAATGTTTACCAGTTTAAATAGTACAGATCACTTACTGTCTTTATTTAAACAGTAGAGTAATGGAATGATCAGATTAGTGGTTTAATTATTGTGTGTGCCATTGGGGACAAGTGTGCTCATGCTGCAGTGTGCGTGAAGGTCATGCGACAACTTAGGTCAATCAGTTCTTTCCTTCTACCGCGTAGGTTCTGTCTCAGGTTATCGGGTTGGAGGCAAGTGTCCTTTCCACTGCCTGAGGTTATTATTATAGCCATTTTGTTGTTGAGCACAAGCAGTTGTTAAGGAGACTTTTGGTTCTCTATAAATCTGTCTCTCACTTATGTCAAGTCTGTCAGCAAGTATTTGATTATTTATTTTGATGGTCTTCTCTGAAGTTATCCTAAGGTCCTTACAGTGATTTTAAAAATATAATGATTAATTATTAATTAGTTAAATGTAATGCCTAGTATAATGATTTTAAAATATTTTTGAGTGCTGTCACATTAATATTTGTAAAAATCAGGTCCACTTTTTAATTCAGTTCATATTGGCATTGGGATTTTTATAATGAGAAGGAGTACCATCTTCCTATTGATATTAGAGCTATGAATAGTCTGTTTAAAAAAATATTTGTTTTTTCTCCCCCTTTCAGTCCTCTTTTTTCCTATAATAGTTCTTCTTTCAGATTATCTTTAGATAAGTTTAGAATTTTCTGCATATATGAGAAAATAGTTGATACCTTTCTGTGTCTGCTGTGTGCCTTGCTATTAATTTCTTATTGTTAGTGATATATGTAATAGTTCTGCTTTATTAATATATAATGAGGCTATCCAGTGATTTCCTTATGTAAACCTTGATGACTATTACTTGAGAGATATTACTGAAATGTAGAATTAGGAACCCCTATTATCATAGGTTATGCTACTACCAACTTTTAAAGGGTTGTCATCTTAAAAATTTCCTCTCTCCAGAACCTTTATGTAAGTGAAAAAAAAGAACCGTTTGTTCCTTAAAATGTAATGAAGATTTTCTCTTATATAGTTTTTTAAAAGATTTTTTTTATTTATGTATTTGAGTGCTCTATTTGCATGTATGCCTGCATGACAGAAGTGGGTATCAGATCCCATTACAGATGGCTATGTGTTTACTAGGACTTAAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAACAGCCCCTTGCATGGATATTTTTGCTTCTGTTTTTTAGTATCAATTTTTACCTGTAATTGTTAAAAAAGCAAAATATTGAATCATGTATTACTTAAAGTTGTTTTAACTAACTTCACATTTTTGGTCTTTCTTAGAGCTGACATTTTACTTAACAATGGTCTTGGTTTTATTATGATATAATTTTGTTAGTTTTTAACTTTAAAAGTATTTGAAATAGATCTTTGTGGGGAGTGCATAATGAAGAGGGACTTTCCTTTTAAGAGTTATAG
Divergent primers for circular RNA PCR
Primer Set-1
Forward primer
Tm
Reverse primer
Tm
Product size
AGATCTTTGTGGGGAGTGCA
58.93
AGTGATCTGTACTATTTAAACTGGT
55.74
153
Primer Set-2
Forward primer
Tm
Reverse primer
Tm
Product size
AGATCTTTGTGGGGAGTGCA
58.93
AAGTGATCTGTACTATTTAAACTGGT
56.39
154
PCR template sequence:
TTATGATATAATTTTGTTAGTTTTTAACTTTAAAAGTATTTGAAATAGATCTTTGTGGGGAGTGCATAATGAAGAGGGACTTTCCTTTTAAGAGTTATAGGTAAGTCAAAAATTTTAGTTTGAAACTCTTAACAATTAGTTATTATTTATGGTGATAATTTAATCTGAATGTTTACCAGTTTAAATAGTACAGATCACTT
Note: Users can design additional primers for provided template sequence using Primer3 or NCBI primer-blast.
miRNAs associated with circular RNAs
No of miRNAs
17
Interacting miRNAs (#binding sites)
mmu-miR-30d-5p(2), mmu-miR-124-3p(1), mmu-miR-30e-5p(1), mmu-miR-26a-5p(1), mmu-miR-30a-5p(1), mmu-miR-30c-5p(1), mmu-miR-185-5p(1), mmu-miR-214-3p(1), mmu-miR-30b-5p(1), mmu-miR-26b-5p(1), mmu-miR-382-5p(1), mmu-miR-183-5p(1), mmu-miR-215-5p(1), mmu-miR-300-3p(1), mmu-miR-369-3p(1), mmu-miR-335-3p(1), mmu-miR-3065-5p(1)
siRNAs for circular RNA silencing
Junction sequence
TTAAGAGTTATAGGTAAGTCAAAAAT
siRNA sets
TTTTTGACTTACCTATAAC, TTTTGACTTACCTATAACT, TTTGACTTACCTATAACTC
Protein-coding potential of circular RNAs
CPAT analysis
CPAT ORF ID
CPAT Fickett
CPAT Hexamer
Coding probabilty
ORF length
NA
NA
NA
NA
NA
ORF sequence:
NA
Peptide sequence:
NA
IRESfinder result
IRESfinder score
0.954528934
IRES/non IRES
IRES
riboCIRC information
riboCIRC ID
NA
NA
Evidence
Peptide sequence:
NA
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