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mmu_circErbin_1263
Basic information of circular RNA
PanCircBase ID:
mmu_circErbin_1263
mm39_Chr. Position ID:
chr13|103991326|104025793|-
Gene name:
Erbin
Transcript:
ENSMUST00000022222.12
CircRNA type:
Exonic circular (circ)RNA
Exon/Intron count:
13
Exon/intron indexes:
14,13,12,11,10,9,8,7,6,5,4,3,2
Exon/intron offsets:
0,2176,2592,3032,4557,5252,7461,11830,13224,14001,29324,31322,34419
Genomic length:
34467
Exon/intron sizes in nt:
70,116,130,73,145,75,64,57,90,79,118,198,48
Flanking exon/introns:
chr13:103987352-103991326|chr13:104025793-104056753
Splice length:
1263
Other database IDs:
CIRCpedia: MMU_CIRCpedia_1059, circAtlas: mmu-Erbb2ip_0006
circBase: hsa_circ_0129386, circAtlas: hsa-ERBIN_0006, CIRCpedia: HSA_CIRCpedia_136476
Human Ortholog IDs:
Mature spliced Sequence:
AATGTTGGCTCAATTAAGAAACATCAGGGAGATAAATTCAACTCAGTGCATTTAAAAATGACTACAAAACGAAGTTTGTTTGTGCGGTTGGTACCATGTCGCTGTCTACGAGGAGAAGAGGAGACAGTCACTACTCTAGATTATTCTCATTGCAGCTTGGAACAAGTTCCCAAAGAGATTTTCACCTTTGAAAAAACTTTAGAGGAGCTCTATTTAGATGCTAATCAGATTGAAGAGCTTCCAAAGCAACTTTTTAATTGTCAGTCTCTACATAAACTAAGTTTGCCAGACAATGATTTAACAACATTACCAGCCTCCATTGCAAATCTTATTAATCTCAGGGAACTGGATGTCAGCAAAAATGGAATACAAGAATTTCCAGAAAATATTAAAAATTGTAAAGTTTTGACAATTGTGGAGGCTAGTGTGAACCCTATTTCTAAGCTCCCTGATGGGTTTTCTCAGCTGCTAAACCTAACCCAGTTATATCTGAATGATGCTTTCCTTGAATTCTTACCAGCTAATTTTGGCAGATTAACTAAACTCCAGATTCTAGAACTTAGAGAAAACCAGTTGAAAATGTTGCCTAAAACCATGAATAGACTGACCCAGCTGGAAAGGCTGGATTTGGGAAGTAATGAATTCACAGAAGTGCCTGAAGTACTTGAACAACTAAGTGGATTGAGAGAGTTTTGGATGGATGGCAATAGACTGACTTTTATTCCAGGGTTTATTGGTAGTTTGAGACAGCTCACGTACTTGGATGTTTCTAAAAATAATATTGAAATGGTTGAAGAAGGAATTTCAACATGTGAAAACCTCCAGGACTTTCTCTTATCAAGTAATTCCCTTCAGCAGCTGCCGGAAACTATTGGTTCATTGAAAAATGTCACAACTCTAAAAATTGATGAAAACCAATTAATGTATCTACCAGACTCAATAGGAGGGTTAAGGTCAATAGAAGAACTGGATTGCAGTTTCAATGAAATTGAAGCTTTGCCTTCCTCAATTGGCCAGCTCACAAACATGAGAACATTTGCTGCAGATCACAATTACTTACAACAGCTACCCCCAGAGATTGGAAACTGGAAAAATATAACTGTGCTGTTTCTCCATTGTAATAAACTAGAGACGCTTCCAGAGGAAATGGGTGATATGCAAAAATTAAAAGTCATCAATTTAAGTGATAATAGGTTAAAGAATTTGCCTTTTAGCTTTACAAAGCTACAACAGTTGACTGCTATGTGGCTGTCAGATAATCAG
Divergent primers for circular RNA PCR
Primer Set-1
Forward primer
Tm
Reverse primer
Tm
Product size
ACAAAGCTACAACAGTTGACT
55.66
GGTACCAACCGCACAAACAA
59.26
140
Primer Set-2
Forward primer
Tm
Reverse primer
Tm
Product size
ACAAAGCTACAACAGTTGACT
55.66
GGTACCAACCGCACAAACAAA
59.87
140
PCR template sequence:
ATTAAAAGTCATCAATTTAAGTGATAATAGGTTAAAGAATTTGCCTTTTAGCTTTACAAAGCTACAACAGTTGACTGCTATGTGGCTGTCAGATAATCAGAATGTTGGCTCAATTAAGAAACATCAGGGAGATAAATTCAACTCAGTGCATTTAAAAATGACTACAAAACGAAGTTTGTTTGTGCGGTTGGTACCATGTC
Note: Users can design additional primers for provided template sequence using Primer3 or NCBI primer-blast.
miRNAs associated with circular RNAs
No of miRNAs
7
Interacting miRNAs (#binding sites)
mmu-miR-670-5p(2), mmu-miR-15a-5p(1), mmu-miR-26a-5p(1), mmu-miR-322-5p(1), mmu-miR-15b-5p(1), mmu-miR-33-5p(1), mmu-miR-26b-5p(1)
siRNAs for circular RNA silencing
Junction sequence
GTCAGATAATCAGAATGTTGGCTCAA
siRNA sets
AACATTCTGATTATCTGAC, CAACATTCTGATTATCTGA
Protein-coding potential of circular RNAs
CPAT analysis
CPAT ORF ID
CPAT Fickett
CPAT Hexamer
Coding probabilty
ORF length
CIRCERBIN_1263_ORF_1
0.8367
-0.044778683
0.99999907
2469
ORF sequence:
ATGACTACAAAACGAAGTTTGTTTGTGCGGTTGGTACCATGTCGCTGTCTACGAGGAGAAGAGGAGACAGTCACTACTCTAGATTATTCTCATTGCAGCTTGGAACAAGTTCCCAAAGAGATTTTCACCTTTGAAAAAACTTTAGAGGAGCTCTATTTAGATGCTAATCAGATTGAAGAGCTTCCAAAGCAACTTTTTAATTGTCAGTCTCTACATAAACTAAGTTTGCCAGACAATGATTTAACAACATTACCAGCCTCCATTGCAAATCTTATTAATCTCAGGGAACTGGATGTCAGCAAAAATGGAATACAAGAATTTCCAGAAAATATTAAAAATTGTAAAGTTTTGACAATTGTGGAGGCTAGTGTGAACCCTATTTCTAAGCTCCCTGATGGGTTTTCTCAGCTGCTAAACCTAACCCAGTTATATCTGAATGATGCTTTCCTTGAATTCTTACCAGCTAATTTTGGCAGATTAACTAAACTCCAGATTCTAGAACTTAGAGAAAACCAGTTGAAAATGTTGCCTAAAACCATGAATAGACTGACCCAGCTGGAAAGGCTGGATTTGGGAAGTAATGAATTCACAGAAGTGCCTGAAGTACTTGAACAACTAAGTGGATTGAGAGAGTTTTGGATGGATGGCAATAGACTGACTTTTATTCCAGGGTTTATTGGTAGTTTGAGACAGCTCACGTACTTGGATGTTTCTAAAAATAATATTGAAATGGTTGAAGAAGGAATTTCAACATGTGAAAACCTCCAGGACTTTCTCTTATCAAGTAATTCCCTTCAGCAGCTGCCGGAAACTATTGGTTCATTGAAAAATGTCACAACTCTAAAAATTGATGAAAACCAATTAATGTATCTACCAGACTCAATAGGAGGGTTAAGGTCAATAGAAGAACTGGATTGCAGTTTCAATGAAATTGAAGCTTTGCCTTCCTCAATTGGCCAGCTCACAAACATGAGAACATTTGCTGCAGATCACAATTACTTACAACAGCTACCCCCAGAGATTGGAAACTGGAAAAATATAACTGTGCTGTTTCTCCATTGTAATAAACTAGAGACGCTTCCAGAGGAAATGGGTGATATGCAAAAATTAAAAGTCATCAATTTAAGTGATAATAGGTTAAAGAATTTGCCTTTTAGCTTTACAAAGCTACAACAGTTGACTGCTATGTGGCTGTCAGATAATCAGAATGTTGGCTCAATTAAGAAACATCAGGGAGATAAATTCAACTCAGTGCATTTAAAAATGACTACAAAACGAAGTTTGTTTGTGCGGTTGGTACCATGTCGCTGTCTACGAGGAGAAGAGGAGACAGTCACTACTCTAGATTATTCTCATTGCAGCTTGGAACAAGTTCCCAAAGAGATTTTCACCTTTGAAAAAACTTTAGAGGAGCTCTATTTAGATGCTAATCAGATTGAAGAGCTTCCAAAGCAACTTTTTAATTGTCAGTCTCTACATAAACTAAGTTTGCCAGACAATGATTTAACAACATTACCAGCCTCCATTGCAAATCTTATTAATCTCAGGGAACTGGATGTCAGCAAAAATGGAATACAAGAATTTCCAGAAAATATTAAAAATTGTAAAGTTTTGACAATTGTGGAGGCTAGTGTGAACCCTATTTCTAAGCTCCCTGATGGGTTTTCTCAGCTGCTAAACCTAACCCAGTTATATCTGAATGATGCTTTCCTTGAATTCTTACCAGCTAATTTTGGCAGATTAACTAAACTCCAGATTCTAGAACTTAGAGAAAACCAGTTGAAAATGTTGCCTAAAACCATGAATAGACTGACCCAGCTGGAAAGGCTGGATTTGGGAAGTAATGAATTCACAGAAGTGCCTGAAGTACTTGAACAACTAAGTGGATTGAGAGAGTTTTGGATGGATGGCAATAGACTGACTTTTATTCCAGGGTTTATTGGTAGTTTGAGACAGCTCACGTACTTGGATGTTTCTAAAAATAATATTGAAATGGTTGAAGAAGGAATTTCAACATGTGAAAACCTCCAGGACTTTCTCTTATCAAGTAATTCCCTTCAGCAGCTGCCGGAAACTATTGGTTCATTGAAAAATGTCACAACTCTAAAAATTGATGAAAACCAATTAATGTATCTACCAGACTCAATAGGAGGGTTAAGGTCAATAGAAGAACTGGATTGCAGTTTCAATGAAATTGAAGCTTTGCCTTCCTCAATTGGCCAGCTCACAAACATGAGAACATTTGCTGCAGATCACAATTACTTACAACAGCTACCCCCAGAGATTGGAAACTGGAAAAATATAACTGTGCTGTTTCTCCATTGTAATAAACTAGAGACGCTTCCAGAGGAAATGGGTGATATGCAAAAATTAAAAGTCATCAATTTAAGTGATAATAGGTTAAAGAATTTGCCTTTTAGCTTTACAAAGCTACAACAGTTGACTGCTATGTGGCTGTCAGATAATCAG
Peptide sequence:
MTTKRSLFVRLVPCRCLRGEEETVTTLDYSHCSLEQVPKEIFTFEKTLEELYLDANQIEELPKQLFNCQSLHKLSLPDNDLTTLPASIANLINLRELDVSKNGIQEFPENIKNCKVLTIVEASVNPISKLPDGFSQLLNLTQLYLNDAFLEFLPANFGRLTKLQILELRENQLKMLPKTMNRLTQLERLDLGSNEFTEVPEVLEQLSGLREFWMDGNRLTFIPGFIGSLRQLTYLDVSKNNIEMVEEGISTCENLQDFLLSSNSLQQLPETIGSLKNVTTLKIDENQLMYLPDSIGGLRSIEELDCSFNEIEALPSSIGQLTNMRTFAADHNYLQQLPPEIGNWKNITVLFLHCNKLETLPEEMGDMQKLKVINLSDNRLKNLPFSFTKLQQLTAMWLSDNQNVGSIKKHQGDKFNSVHLKMTTKRSLFVRLVPCRCLRGEEETVTTLDYSHCSLEQVPKEIFTFEKTLEELYLDANQIEELPKQLFNCQSLHKLSLPDNDLTTLPASIANLINLRELDVSKNGIQEFPENIKNCKVLTIVEASVNPISKLPDGFSQLLNLTQLYLNDAFLEFLPANFGRLTKLQILELRENQLKMLPKTMNRLTQLERLDLGSNEFTEVPEVLEQLSGLREFWMDGNRLTFIPGFIGSLRQLTYLDVSKNNIEMVEEGISTCENLQDFLLSSNSLQQLPETIGSLKNVTTLKIDENQLMYLPDSIGGLRSIEELDCSFNEIEALPSSIGQLTNMRTFAADHNYLQQLPPEIGNWKNITVLFLHCNKLETLPEEMGDMQKLKVINLSDNRLKNLPFSFTKLQQLTAMWLSDNQ
IRESfinder result
IRESfinder score
0.800270618
IRES/non IRES
IRES
riboCIRC information
riboCIRC ID
NA
NA
Evidence
Peptide sequence:
NA
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