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mmu_ciPlag1_6566
Basic information of circular RNA
PanCircBase ID:
mmu_ciPlag1_6566
mm39_Chr. Position ID:
chr4|3909054|3915620|-
Gene name:
Plag1
Transcript:
ENSMUST00000137439.8
CircRNA type:
Circular intronic (ci)RNA
Exon/Intron count:
1
Exon/intron indexes:
2
Exon/intron offsets:
0
Genomic length:
6566
Exon/intron sizes in nt:
6566
Flanking exon/introns:
chr4:3909002-3915620
Splice length:
6566
Other database IDs:
Human Ortholog IDs:
Mature spliced Sequence:
GTAGGTGGTTTTTATCATTATATGGCATGATTTTCAAAGTGATCAGTTACTCCAGATCCTTAATTATGTATGCTGTGATAGTGAAAGCTTTGAAAAGCATGCCACATAATAAGCATGCCACTTAGGATCTTAGGGCTTATGCACTGGTCCATGGGACTTCAGTAAAATCTGTGCTCTGTAAATGGCCAAGAGCGGTCTTGCTTCAGAAAATAAAGCTATTGTAAAGCTTGTTGGTTTTTTTTCCTCCTCTCTGAGACCACAGATGAGCTCACAAACTCTTGATCTTCTGAATATCCCAGAAGGGAAAACTACCCTATGGAACCACTGTGTTCATGTGTTGAGATGATCTTAACTGTGGGCAGGTATGGAAGCAGATTAGGTCTGCTCCCAGAGTACAGAACCCAGTGTGACCAGAGCAACTTCCTATCATTTCTGGGAAGAGGACACACAAAAGTATCTAGATTTCCAACGTAGTTATAACTCAGTGGCACAGAATCAAGGTATAGTGATATTTTCAGTGTCATCCTCATATCTTAATCTTATATGAAGCATATTCTCTGTAAAGGATTTGGAATTTTGCTTTGTATGATATTTTTCCCCACAAACTGAATTCCTGTGCTTATGGGGTTACTAGGACAGAACATCTGAAGCGCTCACAAGTTAGTTTTCAAGCCTGTCTCGTCTGAGTAGCATGTGCCTGAGTCCCCTGCTTTCACCATGCCTAGTCAGAGCTGCTTAAAAGGATGTGGAAGCAGCATTGCTGTCAAATGGCTATACTGGGCATGACAGTTCCTACCCCTCTGCCAAAGCACATTTACCAAACCATTTACCTGTTCTGGGCTTTCTCTGATCTTGCTTTATAGCCCATTGGGATTTCCAGAGCTCACAACATGTTTCCCCTGGTTGCTTTGATTCCTGAAACCCTACTACAGTTGATCCCAACAAGTATTTATCAGCTAAAGCCAGGTGTAGTGGCACACATCTTTAATCCAAGCACTCAGAAGGCAGAAGCAGACAGATAGATCTCTGTGAGTTCCAGGCCAGCCTGGCCTACAAATTGAGTTTCAGGAAAGCCAGGGATGATACATAGAGAAACCCTGTCTCGATCGATCGATAGATAGATAGGCAGACAGACGGACAGAATTTATCATATTACTGCAACATGGCAGGACAACAAAGATAACTGTTAGCTTTCGGGGTAAAAGATGCAGTCACTGAGAGATGGTTTTCAAATTGGTCAAGGAGTACAACTGTCATGTCTCTTAATGATGTTGCCCAAAACGAATTCTGTTTATGTCCGAGATGTGGTAATAAAAAGAAGTCTTGTTTCTTGATGTGACTTTATCCTTGCCAGCCACACAGTGTGGCACAGGGCGGACAGGCTGGTGGCAGGTGCAGAGCCTTCCCTGCGGACTGGACCCTGTGTCCCTGCATGTCCTGTTCCTCGAGCATCAGCATGCAGCCTGGGCAGTATTTATAGCTCTTCATACCCTACAGGTTGCACTTATGGGTACACACTACTCTAAGGTAGCTTAACACTGATTTCCACATGAACATTTTTAACTAAGTGAGCTGATACTTACTCCTTTTCTCACATTTCATATGCTTTCTACCTTTTCCCAAATTTATCCAGGGATTTGGTGTGAGGGCCTGAGTGTTGAGATATGAAACTTGGATTGTGTTTCTGTGATCTGAATTGTGTAATGATTACTCCTTCTAGAAGGCATACCCTACCTGTTTAAGGACTTCAGTGTGTTACAGTAGGTGATGTCAGAAGCCCTTATGGTACCCCTATCAACTCACTCAATGGCAGTAACATTGACCTCATTACAAGTTGAGAATGTGACCTGTGGGCTTCCTCCTTTCTAATGTAGCTTCATGGCAAATGTGGAAATGGTTTGTGCATTTTTAGAAGCCCAGAAACTTCTGTAGAGATGAGGTGCTCTCTCACCGTTAAGGTTGCAGTTATCCACTCGTTCTGCCTGCCATTATTACTTCCGCTTTCACAATTCCTCTTTTGCTTTCTGTTTTCAAGGACTGATTTCCCTGCATGAAGAGAAAGCTGCCTAGTATACTTGGTGTGCCTTGGTTTTCATTTTCCTAACAACATACAATCATAGAGTGTCTCTCCTACACATAAGACATAAATGCTGACTCCTGAGTCCTCATTAATCCTCTTTACCTCACTGGCCTTCTCACTCCATAATAGAACTAACCAAGGGAAGCATTTGAATTGGAAAATCCCACTTGTTTGCTTTGTCCGTGTTCTTGGGTGGTTGGTATTCTATGCGGGCCCTCCAGAGCATGCATGACCAGAATGTGACCATTGAAGACTAGTAAGAGAATTTCTGGGAACTTTGCAGTGCCAACTTTGAAATCTGTTGACATTTCCCTACTGTCCTTAAGAAACAAGAAAGATGAGCTATTTCCTTCACTTTTCTTTAGGTTTTTATCTACATTAAATATAAGATGCTTCTAAACATAATTAGAGCTAATTTTGTGGTAAAGTTGAAAAAGATTATCCTAGAACTATATTTTAACCAATTATTCAAAAACAAATACAAAAAAAGGCAAATGTGGAAAAATTTTTAAAGGCATCCCCAATTTTCCTGGTTAATTTAACTACATCTAATGTAGGAAAATAAGTATTGTGGTCTTGCTCCAGTCTCAGGACTGAGTTCTTGAGGACCCATAATTCAGGTGAGTTAAGTGTACATCTTGGCTGTGCCTCCTGCTTCTTCTCAGTGAGCTTTCTGCTCCTCAGTTCTCTGTAGATATCACTAGCTCTACCCAAGAGTCTCACCATCTTTTTCCCCCGCTTCAGCCCAGGTAGCCCAGGTAGCAGGCATGTTTTCACTCTAAGAATTTTTATTAAGAGTGGGGATGAATTGATGCTGTGTACTCATGCCAGTTAATTTTGTAAGAATACCATCAGTCAGGGCATGCTAGCAAAATGGATATTTTGCATAACTTTTAAGTTATTATAAGTGCTAGTATTTATCTTGGAAATGTATTGTCTTCTGTCTGCTATGATGATGAGTAAACTTATAGGTCATTATGTTAGCAGTAAGCACTTACTCTGTTTTAATCTTTCTCGTTCATTCAACAGTTACTTTACTGTCATTTATGGGAAACAGCAGTGAATAAAACTGGCCTGAGCCTGCCCTGAGCTGCCTACAGTTGACTGCTTATTCTCTGAAGGTCTTTTTTGTTTTTTGTTTGCTTGATTTTTGCATTTGTTTTTAATTTTTTGACAGTCTAATATGTGTACTGAATGCATTTTGAACATACCCCATTACCCTTTCTTAAGTTTTTATAAATACAAGATAGTTAATTTTTTTCTTCATTAGCAATGAACTCTATAGAATGAGAGCTAACTGATAACAATGTCCAAGTTAGGATCAATGACATTTTAAAGCAATGTTCCTAATATGGTAGTATGTCTCCTTCAAAGTTATATTTAGTTATGTAATCTAATTCATCTCCTTCATATTATTCAAGATTCTATTAGTGCTTCTTACATAAAAAGCATTATCACTGCTACTTTTCCTTCTGTGAGCCACCCTGTTGGAAAATGTTGTAAGCATACGTTGATATTTTTCTGAATTGGGAACTAATGGTATGTTATGATTAGTATAAGGAAGAGCAAAGCCTTGGTGAGTGATAGCATTTGCTCTTAGCAAAATCTGACTTTTAAAAGTGAAAAAAAAATTAATGCTGGTAAGTATTGCTCAAAATTTACAACTGTTAGCAGTACAACTCTCAAAACTGTGGGACATCCAATGAAAACAACACAAACAAACCCTGTTTTAGTATGTACTCATCCTTTGGCTGACATCTCATAGAGGTTGGTTTCAGTAGACCCCCTGAGGTGCAATGTATTTGCTTATTATTTTTCTTCATGAGCCACTATTTGCCAAGAATAAATTAAAGCATAAGAAGATGAACTTTTGTGCTCAAGCATATAACCTTCCCTCTTCTCTAGCTTCTATTGGATGCAGAGTCACCTTTGGAGTAGAGGGTAGAGGCGGTGTGTCTGCTTGGGTATCATCAGAAGCTGGGGTATAGTATTCTGAAACATTTCACTGCAGAGCAGTGTAGAGTGGGTATGTGTAGTCTCTGCCTTCTGTTACAATTCTTCAGACAAAGGCAAGGTGGAATTTCCATCACTGATGTAACCAGTCTTTGATAAATTATTTTAACTAGAAACGAAAAACATGAATTAAGGTTTTTTCCTCTTTGGTTATAGACTTTTTAGAGCAGTAAAGAGACTTCCTCCATTGCCCCTTTGGGTGCATGAAAGAGGATACTCAGATAACTTTAGTTAACATGTTAGCTAGGATTATATGAATATAAACTATTTAATTTTTATGTTTATTCTGTCAAACAATTCAAATCAACTCTTGACATCTTATGTCTTGGGAAAAATGAGCAGTTCTTTGAAATTAATTGGCAACTAATAAAAAATTCAAAGTAAGGTAAAAATTTAGAGAAATTAACTGTAACTTGGGAGTTCTGTTTTAAGATAAACCAAATGTGATGGCTTTATTTATATTTTATATTTATATTATTTATATTTTATATGTGACTATAAGATATACAGTGGAGGTAATTTGTAGACAGCGATATTTATGCATTGTTTGAAATACTTACAGCCGGGCGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGACAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGACTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAAACAAACAAACAAAAAAAGAATGATGAAATACTTAGTTTCTAAAGCATTTCTGTTATAAAATGCCACTGTACAAATAAGCATAGAATTTTATGAATACACAAATCTATTATTTGCTTGTCAGCTTTAGTTTTAGATTTAATTCTGCTTAAATCATCTACTCAGAGTTACTAATTATTTTAATGCTTAGTTAAAATATTTAAAATTTACCTTGCAAATTGTTTTTAAACTTTTTTAAAATTCTTTCTTTTTGGAAGTTTTATTTGGAAGTTCTCATAGAAAACTAACCCAGAACATTCTTCTGTTCTTTAAGTGTAGTGCCAACATGCATCCACACACAGGTTGATGTATTAATCTGCCCTTGTCATAGATCACAATACAGTCTAAGTGTAGTGGGAATCTAAGACAGAAATCTCATCGTGACCACACATGTGCCATCACATAGCCCAGAATCTTAGGTCATTGACTGCAGGGAGGAGATAAATAGGGAAGTATTCTATTTGTGAAGTATTTACATTATTCAGATAGTGGTGTATAAAATGATCTTTCATATTCATAATTACCATACCAAATATTCAGTGTATGTCCTGGGCAAGTAAGTATTTACAAAGTAATTTTGCTATTTTGCAATTTTGTTGTTCTTCTACTTATGCATGTCCTGTGCTGTATAAAAATGGGGCTTTTGCTTGAACTTTTAAAGATATCTTTTTATCTAAAATTTTATTTTTCTTTTAAACAATAAGAGTAATACTGGTTTCTTATATATACTCAGTAATTTTGTAATGATGCTTGAATGTCCTCTATTAAATATTTTTGTTGCATATCATCTTTACATATCATTGAATTCTGAAAGTGTGTAAAGATTTTATTTAAAGAGATACTGTTAGATTGTTATACAACATTAGAAGCTTTTTAACCTAATATGTCATTGACATATCCTTTTATTACTGATTTTTAAGTATTTGATTTGTATTCTCTCTCTCTCAAGTTCTTCTAATTAATACTTGTGAATACTTAAGATTAATCACAGAATGCTAACCAGTGTTTGCCTTGTATTCTTTGTAATAAGTGTAGGTATTTTTTACTTTATACCATTCTCATTCTTGTCTTTTCTTTCCTTTGTAAATATTAACACAGTTTATATGTGTGTTATCAATCTGCTAAAAACCTTGCTACTAACAGGCATCTTTAAGCTATCTTTAAGATTTCTCAACAATGGTCTCATGCAACAAATATTGCTTTTTTCATGATACCTGCCTCCTGTAGCAAACCTATACTTAACTTCCCTCACATGGATGTCGAATCTGAGCGGCAGAGTGGTTGCTGCTACATTCCAGCCATCCTTACGGCATTCCTTGGTCTAAATTGGCAGTCTGCAAGTAGCAGAAGGGTGGCTCTAAGAAGCCCCAGTCACAAGTGTGGCAGTGTGGGTGGCAGTGCTGTGGTCAGGAGGAAACCGAGTTCCATTATATTAAGCTCAATGAATTTTTATCAGTTTCCCTTACCGTCAGTAACTCTTGTTTAGATTTCTTTTTTATTATCAACTGGGAAGTCATTCAGCATCACAAATTGACATTTTTTTCTAGATAATACTATTTTTTTTTAATTTGTGCATTTATTTGGTCATGTAAAGTGTGCTTTCAACTAATCAAAACAAGCAACTGGTGGGAATTAATGCACGACTATCAGCAAAGTAGAATGTGAGCATGTGCTATGAAATGCAGTTTGCTCATGCTTTTTTTCCTGTCATATGCACTCTAGTTTCATTTATATTA
Divergent primers for circular RNA PCR
Primer Set-1
Forward primer
Tm
Reverse primer
Tm
Product size
TGAAATGCAGTTTGCTCATGCT
59.7
TCAAAGCTTTCACTATCACAGCA
58.61
154
Primer Set-2
Forward primer
Tm
Reverse primer
Tm
Product size
TGAAATGCAGTTTGCTCATGCT
59.7
CAAAGCTTTCACTATCACAGCA
57.25
153
PCR template sequence:
TGCACGACTATCAGCAAAGTAGAATGTGAGCATGTGCTATGAAATGCAGTTTGCTCATGCTTTTTTTCCTGTCATATGCACTCTAGTTTCATTTATATTAGTAGGTGGTTTTTATCATTATATGGCATGATTTTCAAAGTGATCAGTTACTCCAGATCCTTAATTATGTATGCTGTGATAGTGAAAGCTTTGAAAAGCAT
Note: Users can design additional primers for provided template sequence using Primer3 or NCBI primer-blast.
miRNAs associated with circular RNAs
No of miRNAs
53
Interacting miRNAs (#binding sites)
mmu-miR-124-3p(1), mmu-miR-140-5p(1), mmu-miR-155-5p(1), mmu-miR-200a-3p(1), mmu-miR-141-3p(1), mmu-miR-20a-5p(1), mmu-miR-17-5p(1), mmu-miR-1a-3p(1), mmu-miR-199a-5p(1), mmu-miR-429-3p(1), mmu-miR-206-3p(1), mmu-miR-200b-3p(1), mmu-miR-181a-5p(1), mmu-miR-200c-3p(1), mmu-miR-322-5p(1), mmu-miR-146a-5p(1), mmu-miR-152-3p(1), mmu-miR-298-5p(1), mmu-miR-203-3p(1), mmu-miR-125b-5p(1), mmu-miR-25-3p(1), mmu-miR-381-3p(1), mmu-miR-24-3p(1), mmu-miR-433-5p(1), mmu-miR-29b-1-5p(1), mmu-miR-501-3p(1), mmu-miR-96-5p(1), mmu-miR-182-5p(1), mmu-miR-721(1), mmu-miR-192-5p(1), mmu-miR-511-3p(1), mmu-miR-467b-5p(1), mmu-miR-215-5p(1), mmu-miR-340-5p(1), mmu-miR-324-3p(1), mmu-miR-384-3p(1), mmu-miR-29b-2-5p(1), mmu-miR-342-3p(1), mmu-miR-466a-5p(1), mmu-miR-1187(1), mmu-miR-466p-5p(1), mmu-miR-190b-5p(1), mmu-miR-5101(1), mmu-miR-669d-5p(1), mmu-miR-3087-3p(1), mmu-miR-484(1), mmu-miR-3065-5p(1), mmu-miR-3470b(1), mmu-miR-1904(1), mmu-miR-574-5p(1), mmu-miR-146b-5p(1), mmu-miR-338-3p(1), mmu-miR-7a-1-3p(1)
siRNAs for circular RNA silencing
Junction sequence
TTCATTTATATTAGTAGGTGGTTTTT
siRNA sets
NA
Protein-coding potential of circular RNAs
CPAT analysis
CPAT ORF ID
CPAT Fickett
CPAT Hexamer
Coding probabilty
ORF length
NA
NA
NA
NA
NA
ORF sequence:
NA
Peptide sequence:
NA
IRESfinder result
IRESfinder score
0.889202778
IRES/non IRES
IRES
riboCIRC information
riboCIRC ID
NA
NA
Evidence
Peptide sequence:
NA
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